U današnje vreme, neko se slaže sa osnovnim principima Samuela Hahnemanna (1755 – 1843 ), a neko ne. Ipak, svi priznaju da postoje tri osnovna pravca u homeopatiji: klasična, klinička i kompleksna homeopatija.
Klasična homeopatija
je usmerena na lečenje pacijenta a ne bolesti i uzima u obzir sva tri nivoa ličnosti – psihički, emocionalni i fizički. Prepisuje se samo jedan lek u određenom vremenskom periodu koji se zove konstitucijski lek. Prednosti ove metode su: duboko lečenje, lečenje uzroka, a ne samo simptoma, oporavak je na svim nivoima. Nedostacu su: konsultacije duže traju, potrebno je više vremena za pronalaženje odgovarajućeg leka pa je potrebno strpljenje pacijenta. Klasičnom homeopatijom se mogu lečiti i akutne i hronične bolesti, a koriste se i niske i visoke potencije.
Klinička homeopatija
leči bolesti i bolesne organe, a ne leči pacijnta kao celinu. Lekari često korista ovaj metod jer je način lečenja isti kao i u zvaničnoj medicini. Prednosti kliničke homeopatije su: manje vremena je potrebno za konsultacije, a određivanje leka je jednostavnije jer se za određene bolesti koriste određeni lekovi. Nedostaci su: leče se simptomi a ne uzrok pa je lečenje simptomatsko i oporavak je samo na fizičkom nivou. Kod lečenja se koristi kombinacija lekova niskih potencija.
Kompleksna homeopatija
je pravac u kome se u lečenju koristi više od jedan lek istovremeno. Terapija može biti individualizirana (prilagođena jednoj osobi) ili se za lečenje bolesti koriste kombinovani sastojci (tada je slična kliničkoj). Takvi se kombinovani lekovi mogu kupiti u apoteci. Oni su dobri za početnike koji ne znaju puno o homeopatiji i nemaju svog ličnog homeopatu. Koriste se i visoke i niske potencije.